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Aigen als Pfarre hat vermutlich schon im 13. Jahrhundert existiert, auch das Jahr 1372 wird als Gründungsjahr genannt. Im 16. Jahrhundert war das Patronat bei den Hofkirchen, die die Herrschaft auf Drösiedl und Kollmitz innehatten. 1599 wurde die baufällig gewordene gotische Kirche zum Teil abgetragen und als Renaissancebau errichtet, wie auf dem Wappenstein in der Unterkirche zu lesen ist.
Nach der Gegenreformation gelangte die Pfarre zum Stift Altenburg. Bis zum Tod von Pater Alois Kargl im Jahr 1953 wirkten hier die Benediktiner aus Altenburg. Seither ist die Pfarre weltlich und untersteht so direkt der Diözese St. Pölten. Nach dem plötzlichen Ableben von Pfarrer Josef Helmreich am 14. April 1988 übernahm mit Mag. Johannes Mikes ein Prämonstratenser aus Geras diese Pfarre.
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